Crédit d’impôt recherche : attention au contrôle

Le crédit d'impôt recherche (CIR) visé à l’article 244 quater B. du Code général des impôts (CGI) coûte plusieurs milliards chaque année au budget de l’État. Par conséquent, le dispositif destiné à améliorer la compétitivité des entreprises est très encadré par le Législateur. Avocats Picovschi se propose d’effectuer un rappel des diverses conditions pour bénéficier du CIR en n’omettant pas d’évoquer les modalités de contrôle spécifiques à cet avantage fiscal.

Quelles sont les conditions concernées ?

Ouvrent droit au crédit d’impôt les entreprises industrielles, commerciales, artisanales et agricoles, quel que soit leur statut juridique, soumises à l'impôt sur les sociétés ou à l'impôt sur le revenu selon un régime réel d'imposition qui se livrent à des activités de recherche et développement (R&D), bien définies. L’optimisation fiscale est réservée exclusivement aux travaux relatifs à la recherche fondamentale et appliquée ainsi qu’au développement expérimental.

Corrélativement, en vue de lutter contre la fraude et l'évasion fiscales, le CIR ne peut porter que sur des dépenses correspondant à des opérations de recherche localisées au sein de l'Union européenne ou dans un autre État partie à l'accord sur l'Espace économique européen (EEE) ayant conclu avec la France une convention d'assistance administrative. À titre exceptionnel, cette condition ne s'applique pas « pour le moment » aux dépenses de veille technologique et de défense des brevets.

La liste des dépenses éligibles apparaît importante en « première lecture », mais au final on constate qu’elle est particulièrement ciblée par le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI).

Il s’agit des :

• dotations aux amortissements fiscalement déductibles des immobilisations ;
• dépenses de personnel ;
• rémunérations et justes prix au profit des salariés auteurs d’une invention résultant d’opérations de recherche ;
• dépenses de personnel relatives aux jeunes docteurs ;
• dépenses de fonctionnement ;
• frais de prise, de maintenance, de défense de brevets et de certificats d’obtention végétale (COV) ;
• dotations aux amortissements des brevets acquis en vue de la recherche et des COV ;
• dépenses liées à la normalisation ;
• primes et cotisations ou part des primes et cotisations afférentes à des contrats d’assurance de protection juridique prévoyant la prise en charge des dépenses exposées dans le cadre de litiges portant sur un brevet ou un COV dont l’entreprise est titulaire dans la limite de 60 000 € ;
• dépenses de veille technologique dans la limite de 60 000 € ;
• dépenses de sous-traitance pour la réalisation d'opérations de recherche. Pour être éligibles, celles-ci doivent être confiées à des organismes de recherche publics ou assimilés (CGI, art. 244 quater B, II-d) ou à des organismes de recherche privés ou des experts scientifiques ou techniques agréés (CGI, art. 244 quater B, II-d bis). Et la prise en compte de ces dépenses dans la base du CIR fait l'objet de modalités de calcul et de plafonnements spécifiques ;
• dépenses de collection exposées par les entreprises du secteur textile-habillement et cuir (jusqu'au 31 décembre 2022).

En ce qui concerne les modalités de calcul, il convient de noter que le CIR est déterminé par année civile, quelle que soit la date de clôture de l'exercice.

Les entreprises bénéficiaires sont tenues de déduire du montant des dépenses ouvrant droit à l’avantage fiscal les subventions publiques reçues pour les projets de recherche. À l’inverse, elles sont évidemment autorisées à ajouter les subventions restituées au titre de l'année de leur remboursement.

Le taux du crédit d'impôt est de 30 % jusqu'à 100 millions d'euros (ou 50 % dans les départements d'Outre-mer et en Corse) et de 5 % au-delà.

Les entreprises éligibles doivent déposer respectivement la déclaration n° 2069-A-SD avec le relevé de solde n° 2572 pour celles soumises à l’impôt sur les sociétés et avec la déclaration de résultat pour celles soumises à l’impôt sur le revenu. Le montant du crédit d'impôt calculé à partir de la déclaration n° 2069-A-SD est reporté sur la déclaration n°2069-RCI-SD.

Par ailleurs, depuis le 1er janvier 2020, les entreprises dont le montant de dépenses de recherche ouvrant droit au CIR est supérieur à 10 millions d'euros sont tenues de déposer également l’annexe n°2069-A-1-SD. Elle a pour objet essentiellement de décrire la nature des travaux de recherche en cours et leur état d’avancement, ainsi que les moyens matériels et humains qui leur sont consacrés avec leur localisation.

Le montant du CIR est imputé sur l'impôt sur le revenu ou sur les sociétés dû par l'entreprise au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses de recherche ont été exposées. En cas d'impossibilité d'imputation, en particulier sur un bénéfice trop « modeste », le crédit excédentaire non imputé constitue une créance sur l'État. Celle-ci est susceptible de servir au paiement de l'impôt dû au titre des 3 années suivantes et le montant de la fraction du CIR éventuellement non utilisée n’est remboursé en principe qu’à l’expiration de cette période.

Mais en application de l'article 199 ter B II. du CGI, la créance résultant du crédit d’impôt est immédiatement remboursable pour les entreprises de moins de 250 salariés, réalisant un chiffre d'affaires de 50 millions d'euros maximum (ou ayant un bilan annuel de 43 millions d'euros au plus), ainsi que pour les nouvelles entreprises au titre de l'année de création et les 4 années suivantes, les jeunes entreprises innovantes (JEI) et les entreprises en procédure collective (conciliation, sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire).

Des modalités de contrôle particulières

Le dispositif spécifique de contrôle du CIR prévu à l’article L. 45 B. du Livre des procédures fiscales (LPF) se caractérise principalement par les prérogatives dévolues au Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation (MESRI). Celui-ci est amené à s’assurer de la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt, indépendamment de toute initiative de la part de l’administration fiscale, même si l’intervention des Agents attachés à ce Ministère est susceptible d’être déclenchée à la demande de Bercy.

L'entreprise qui reçoit une demande de justifications d’un Agent du MESRI est invitée à répondre dans un délai de trente jours, prorogé le cas échéant à sa demande de la même durée.

La réponse doit être appuyée des documents nécessaires à l'expertise de l'éligibilité des dépenses engagées, soit impérativement :

• les documents scientifiques et techniques afférents aux opérations de recherche réalisées en interne ou confiées à un prestataire ;
• les justificatifs relatifs aux personnes affectées aux projets de recherche concernés (qualification et temps passé) ainsi que les documents fiscaux et comptables se rapportant aux dépenses déclarées.

S’il estime que les éléments présentés ne sont pas satisfaisants, l'Agent se réserve la possibilité d’adresser une seconde demande à laquelle l’entreprise est tenue de répondre dans un délai de trente jours, non prorogeable. Dans ce délai, le dirigeant a la faculté de solliciter un entretien avec le représentant du MESRI pour lui permettre de produire des éléments complémentaires, non fournis initialement.

L'Agent peut se rendre sur place après l'envoi d'un avis de visite pour notamment, consulter les documents comptables, annexes, justificatifs et effectuer toute constatation matérielle en procédant à des vérifications techniques, en vue de s'assurer de la réalité des dépenses affectées à la recherche.

L'avis émis et motivé, si le MESRI entend contester la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du crédit d’impôt, est notifié à l'entreprise et communiqué à la Direction Générale des Finances publiques qui le transmet au Service des impôts des entreprises (SIE) territorialement compétent.

Néanmoins, l'administration fiscale demeure seule compétente pour remettre en cause l’obtention du CIR par le biais d’une vérification de comptabilité, précédée d’un avis de vérification.

Par conséquent, si le contrôle s’achève par l’annulation de tout ou partie de l’avantage fiscal, l’inspecteur des Finances publiques a l’obligation d’adresser à l’entreprise une proposition de rectification, dûment motivée en application de l’article L 57. du LPF, incluant obligatoirement et clairement les diverses informations communiquées par le MESRI, d’autant plus si le « redressement du CIR » est basé essentiellement sur ces éléments.

Si en qualité de dirigeant et principal responsable de votre entreprise, vous vous retrouvez confronté (e) à cette situation critique, vous avez un intérêt capital à contacter au plus vite un Avocat fiscaliste expérimenté si vous n’avez pas estimé opportun de prendre cette sage décision auparavant.

Ce professionnel est tout désigné pour vous aider à peaufiner l’argumentaire le plus pertinent possible en réponse à la proposition de rectification. Et si l’inspecteur maintient une position inéquitable dans sa « réponse aux observations du contribuable n° 3926-SD », votre Avocat poursuivra la défense de votre dossier par le biais des divers recours prévus par la charte des droits et obligations du contribuable vérifié. Parmi ces garanties, il n’hésitera pas avant tout, dans le délai de 30 jours à compter de la réception de la réponse précitée, à saisir le Comité consultatif du crédit d'impôt pour dépenses de recherche, à condition que la remise en cause de votre avantage fiscal ait été notifiée suivant la procédure de rectification contradictoire.

Si vous vous lancez dans un projet de recherche et développement (R&D) pour votre entreprise, songez déjà à vous entourer d’un maximum de précautions pour savoir s’il « tient bien la route ». Et ensuite, avec l’assistance d’un Avocat fiscaliste spécialisé en la matière, assurez-vous pour éviter toutes désillusions éventuelles, que les dépenses engagées répondent effectivement aux conditions d’éligibilité du CIR.

Pour cette mission d’importance en amont comme pour le soutien indispensable en aval au cas où il prendrait l’idée à un inspecteur des Finances publiques de vouloir annuler partiellement ou totalement votre crédit d’impôt recherche, vous pouvez compter sur la compétence, l’efficacité et l’habileté d’Avocats Picovschi, installé à Paris 17ème depuis plus de 30 ans.